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La Iglesia Cristiana Presbiteriana de Chile es una confederación de iglesias locales que tienen un sistema de gobierno democrático representativo, con un gobierno en cada iglesia local (Consistorio), y Consejos Superiores (Presbiterio, Sínodo y Asamblea General), formados a su vez por delegados representantes de cada uno de los consejos inferiores de todo el país.

Sus autoridades ejercen un gobierno delegado, elegido por las asambleas y por un período preestablecido, de manera que la presidencia no recae sobre una sola persona sino siempre sobre un grupo de personas, elegidas democráticamente por la congregación.

Siguiendo el modelo de las iglesias del Nuevo Testamento, las iglesias presbiterianas son gobernadas por un consejo de presbíteros o ancianos elegidos democráticamente por los miembros de la iglesia.

En este consejo –llamado “consistorio”– debe haber a lo menos dos presbíteros regentes que se encargan del gobierno administrativo y espiritual de la iglesia, y al menos un presbítero docente, también llamado “pastor”, que se encarga de la predicación y la enseñanza, además del gobierno administrativo y espiritual junto a los presbíteros regentes.

Las iglesias presbiterianas, además, forman federaciones de iglesias locales llamadas “presbiterios”. Los presbiterios son consejos compuestos por los pastores y por un presbítero regente representante de cada iglesia; estos consejos se encargan de servir a las iglesias locales a través de la coordinación del trabajo en conjunto de las mismas.